AIMD
分子结构与计算研究场景

AI-ASSISTED DRUG DISCOVERY

从靶点证据到候选化合物的科研计算工作台

科研助理帮助你梳理研究问题、选择计算技能、检查输入和依赖，并记录可复现的计算产物。

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典型科研场景

从靶点证据到候选化合物

这是多个 skills 的组合应用示例，不是仓库自带的一键药物发现功能。每个阶段都需要人工确认科学假设和质量门槛。

  1. 01

    靶点与结构

    UniProt 与 RCSB PDB 核对序列、结构和链编号。

  2. 02

    活性证据

    ChEMBL 与 BindingDB 汇总已知配体和活性证据。

  3. 03

    虚拟筛选

    检查执行器后，以 UniDock-Pro 开展候选初筛。

  4. 04

    动力学模拟

    为候选体系准备 AMBER 或 GROMACS 运行包。

  5. 05

    综合验证

    结合轨迹、实验活性与结合实验综合判断。

功能导航

按研发流程选择能力

数据准备

数据库储备聚合蛋白、结构、化合物与活性证据。分子表征生成描述符、指纹、分子图和模型输入。

组学分析

基因测序分析对 VCF/PLINK 做质控、变异统计与表型建模入口。

结构预测

蛋白结构预测从序列获得结构模型与可信度证据。蛋白设计围绕固定基序和结构约束生成候选。

模拟计算

分子对接比较受体与配体的候选结合构象。分子动力学构建可复现的平衡、生产与分析流程。粗粒化模拟扩展大体系和长时间尺度采样。量化计算计算分子能量、轨道、电荷与振动性质。第一性原理处理晶体、表面和材料电子结构任务。机器学习力场MACE / SevenNet / Orb / FAIR-Chem 的 GPU 能量与力。自由能计算比较候选变换并检查收敛与误差。新材料计算与筛选结构弛豫、性质筛选与催化剂/配方主动学习。

分子设计

虚拟筛选从化合物库中优先选择候选体系。药物设计围绕先导结构组织多参数优化证据。多肽设计生成并评估序列、结构和修饰方案。药物递送研究载体、药物和生物界面的相互作用。ASO 药物设计设计靶向 RNA 的候选并评估脱靶风险。

结果分析

AIMD 技能中心检查 skill、agent、software 和真实依赖状态。科研助理从研究问题进入 Nature、SCI 审计和 RAG 等科研技能。流式细胞分析FCS 清洗、FlowSOM 聚类与差异细胞群。

3D 打印自动化建模流水线

需求输入 → OpenSCAD / Blender bpy / FreeCAD Macro → STL 可视化与网格质检 → OrcaSlicer / Bambu Studio 切片核验。毫米单位，FDM 壁厚至少 1.2 mm，不自动下发打印。

进入 AIMD 3D 打印技能中心建模脚本生成器 · trimesh · MeshLab · F3D · 切片工具3D 打印自动化建模流水线脚本生成器描述零件，选择 OpenSCAD、Blender bpy 或 FreeCAD Macro。

科研助理

描述任务，先检查再计算

从论文讨论、统计自查到审稿回复，科研助理会提示所需输入、证据边界和可核对的修改位置。

Discussion 撰写与评审区分结果复述、机制解读、局限与展望。SCI 审稿回复构建逐条回复并标注修改位置。Methods 与统计自查检查可重复性和统计方法适配性。伦理与引用审计核查伦理、作者贡献和引用逻辑。Nature Skills 科研助理调用 Nature 写作、审稿、引用和科研绘图技能。SCI 审计科研助理Results、表格、缩写、公式、作者贡献和投稿前检查。RAG 科研助理知识库摄取、切分、向量检索、重排、评估和生产部署。